Durante los períodos escolares, la EFA funciona (a modo de microsociedad) a través de una Junta de Gobierno, democráticamente elegida por los mismos alumnos, responsabilizándose ellos mismos de las acciones educativas, convivenciales, así como las materiales. En definitiva, con este pequeño grupo y con este sistema didáctico se consigue el desarrollo de hábitos y valores cívicos propios de un sistema de libertades como el de nuestra sociedad actual.
